WDL - 执行

叁歲伎倆 2023-07-04 12:52 49阅读 0赞

目前，Cromwell是我们所知道的唯一支持WDL的全功能执行引擎。

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# Cromwell #

Cromwell是用Java编写的开源（BSD 3子句）执行引擎，支持在三种类型的平台上运行WDL：本地计算机（例如您的笔记本电脑），通过作业调度程序（例如GridEngine）访问的本地群集/计算场或云平台（例如Google Cloud或Amazon AWS）。

Cromwell可执行文件可以从[Cromwell GitHub存储库][Cromwell GitHub]中以预编译的jar文件的形式获得 。它需要Java 8才能运行。

基本命令语法如下：

java -jar cromwell.jar <action> <parameters>

WDL文档的“ [教程][Link 1]”部分提供了通过Cromwell运行WDL的更多详细示例 。

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# 在Cromwell本地运行WDL #

在本地计算机上运行是世界上最简单的事情。假设您拥有一个经过验证的WDL脚本， 名为 `myWorkflow.wdl`，输入的一个 JSON文件 名为 `myWorkflow_inputs.json`，则只需调用Cromwell的 `run` 函数，如下所示：

java -jar Cromwell.jar run myWorkflow.wdl --inputs myWorkflow_inputs.json

这将运行您的工作流程。在逐步浏览步骤时，您将看到来自Cromwell引擎的文本对您进行了更新。

请注意，通常由工具本身输出到终端的任何消息实际上**都不会显示在运行脚本的终端**中。而是，**Cromwell将此输出保存在`stderr` 位于执行文件夹内的日志文件中** 。

默认情况下，您可以在此文件夹中找到所有生成的文件（输出和日志）：  
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# 在其他平台上运行 #

在集群或云平台上运行可能会比这复杂一些，因此我们不会在本快速入门指南中介绍它们。我们在工具包 页面上提供了一些将Cromwell包装起来的平台或集成的指针 。

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参考资料：[https://support.terra.bio/hc/en-us/articles/360037487871-Execute-][Link 1]

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[Cromwell GitHub]: https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/tag/48
[Link 1]: https://support.terra.bio/hc/en-us/articles/360037487871-Execute-
[20200211150742526.png]: https://img-blog.csdnimg.cn/20200211150742526.png