WDL - 添加变量（二）

╰+哭是因爲堅強的太久メ 2023-07-04 11:11 12阅读 0赞

在这种情况下，**变量是我们写入脚本的占位符**，而不是实际的文件名和参数值。然后，我们可以指定要在运行时（即运行脚本时使用）的文件名和值，而无需完全修改脚本，这非常方便。请注意，我们不必对所有内容都使用变量 -对于某些参数，如果它们永远不会在运行之间改变，则对值进行硬编码是有意义的。

因此，让我们看一下如何在WDL脚本中包含变量（稍后我们将讨论如何在运行时指定变量值）。我们可能希望在两个不同的级别包含变量：在一个个体`task`中 ，或者在整个工作流的级别，以便变量可用于其调用的任何任务。我们将从**任务级别**的变量开始，因为它是最简单的情况，然后在此基础上来处理**工作流级别**的变量，它带有一些（非常合理且完全不困难）的复杂性。在进行解释的过程中，我们将探讨如何将变量值从一个任务继承到另一个任务，这是将任务连接在一起的下一个主题的一种预览。

--------------------

# 1 添加任务级变量 #

回到`task_A`在前面的例子中，让我们看看它实际上包含在**command**和**output**组件块。我们编了一个虚构的程序`do_stuff`。这个程序需要分别使用参数`R=`和`I=`提供两个文件，并生成一个输出文件，该文件必须使用参数`O=`进行命名。

do_stuff R=reference.fa I=input.bam O=variants.vcf

要用变量替换这些硬编码的值，我们首先必须 **声明** 变量，这是一种奇特的说法，即我们在task 块的顶部写出它们的名称以及它们代表什么**类型**的值 ， 例如 `File ref`。然后，我们可以在命令中的适当位置，大括号中插入**变量名**，并在前面加一个美元符号， 例如 `R=${ref}`。

在这里，对于 `O=`的值，我们使用变量来指定一个基本名称。该脚本将自动地将这个基本名称与我们硬编码的`.ext`文件扩展名连接起来，从`${id}.ext`生成完整的输出文件名。

最后，我们确定作为程序输出的’ command ‘的**参数**(在本例中是’ O= '参数)，并通过将其分配的内容复制到`output`块来声明它们，如示例所示。注意，这里我们也显式地指定了变量类型。

--------------------

# 2 添加工作流级别的变量 #

将一个层次移到工作流的主体上，您会看到我们现在也有**声明顶部的一组变量**。这些声明基本上遵循与任务中的声明相同的规则。我们现在需要做的就是**连接这两个级别**，以便传递给工作流的参数可以用作任务的输入。

为此，我们只需在`call函数`中添加一个代码块即可 。该块仅包含`input:`一行，该 行枚举了哪些工作流级变量连接到哪些任务级变量。

我们在这个工作流中调用的第二个任务`task_B`也做了类似的事情，但有一个关键的区别。首先，常见的部分:`task_B`也接受引用文件作为输入，所以我们可以简单地将相同的工作流级变量`my_ref`提供给`task_B`中相应的变量。但是，对于它的其他输入，我们需要给`task_B`提供`task_A`的输出。我们可以方便地使用`task_name.output_variable`来引用它。这里是指`task_A.out`。

最后，我们仍然需要知道如何将值传递给工作流以填充所有这些变量。