WDL - 添加管道

以你之姓@ 2023-07-04 12:50 36阅读 0赞

所谓管道，我们指的是**把任务链接在一起**，形成复杂的管道。

# 1 简单连接 #

此时，您知道如何在工作流脚本中包含多个任务。如果您在有关变量的部分中注意，您甚至知道如何将一个任务的输出连接到下一个任务的输入。使您能够构建线性或简单分支合并任意长度的工作流，具有单个或多输入多输出任务之间的连接。

# 2 切换迭代逻辑 #

除了这些基本的连接功能之外，您有时还需要能够在交替路径之间切换，并对数据集进行迭代，无论是串联的还是并行的。为此，我们需要更多的代码，但别担心.**你不用写任何东西**！我们将利用WDL语法的各个方面和一些方便的内置特性，这些特性使添加这种逻辑非常容易。**在WDL中，我们最喜欢的这种类型的特性是分散收集并行性**，当您需要将相同的命令应用于可以作为独立单元处理的数据子集时，这是加快执行速度的好方法。

# 3 代码重用的效率 #

最后，你会发现你经常需要在不同的环境中做类似的事情。与其将相关代码复制到多个地方–这会产生更多的代码以进行维护和更新–相反，您可以很灵活地重用代码。如果你的问题涉及到以不同的方式运行相同的工具，或者大量导入工作流，你可以通过**任务别名**来解决这个问题。<-抱歉，后者还没有完全实现，但它在开发路线图上。

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# 管道选项 #

### 线性链 ###

在工作流中将任务链接到一起的最简单方法是**线性链**，将一个任务的输出提供给下一个任务的输入，如下所示：  
![在这里插入图片描述][20200211114519735.png]  
这很容易做到，因为WDL允许我们使用`task_name.output_variable`语法引用另一个任务的`call`语句中的任何任务的输出(适当地在任务的`output`块中声明)。这里，我们简单地在对**stepB**的调用中指定我们希望它使用**stepA**。输出’作为输入变量`in`的值，这与**stepC**的规则相同。

call stepB {
         input: in=stepA.out }
      call stepC {
         input: in=stepB.out }

这依赖于称为**分层命名**的原则，该原则 使我们能够通过组件的**上下级关系**来识别组件。

### 多输入/多输出 ###

将输出连接到输入的能力（在线性链接中描述）（ 依赖于分层命名），该功能依赖于**分层命名**，使您可以将产生多个输出并接受多个输入的工具链接在一起，并准确指定将哪个输出馈送到哪个输入。  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80Mzk5OTMyNw_size_16_color_FFFFFF_t_70]

由于**stepB**的输出名称不同，我们可以指定下一步输入字段中的每个输出的确切位置。

call stepC {
         input: in1=stepB.out1, in2=stepB.out2 }

### 分支合并 ###

将输出连接到线性链接和多输入/输出(依赖于分层命名)中描述的输入的能力可以进一步扩展，从而将任务的输出定向到单独的路径，对它们执行一些操作，然后将分支路径合并到一起。  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80Mzk5OTMyNw_size_16_color_FFFFFF_t_70 1]

在这里，您可以看到**stepA**同时提供给**stepB\*\*\*\*和stepC**产生不同的输出，然后我们一起输入**stepD**.

call stepB {
         input: in=stepA.out }
    call stepC {
         input: in=stepA.out }
    call stepD {
         input: in1=stepC.out, in2=stepB.out }

### 条件语句(IF/Else) ###

条件条件已从Cromwell版本24开始实施。

有时候，在执行管道时，有些步骤是您想要运行的，而不是其他时候。这可能意味着**在两个路径之间切换**(例如，在Modea中运行一个工具，在modeB中运行一个工具)，或者跳过一个步骤(例如运行一个工具而不是运行一个工具)。在这种情况下，我们将使用**条件性声明**。  
![在这里插入图片描述][20200211115506282.png]  
要在wdl中使用条件语句，可以编写一个标准`if`声明：

if(shouldICallStepB){
        
      call stepB {
        input: in=stepA.out}
    }

这个`if`语句可以显式控制，就像我们在上面的示例中使用布尔变量所做的那样。它还可以通过测试其他变量的值来隐式控制，这些变量除了是开关机制之外，还有它自己的用途。即：`if(myVar>0) { call stepB }`

WDL**还没有**的一件事是`else`声明。现在，为了解决这个问题，我们写成一对if语句使用`!`修饰符以获得原始变量的**相反值**，如下所示：

Boolean myBoolVar
    if(myBoolVar) {
         call taskA }
    if(!myBoolVar) {
         call taskB }

### 分散 - 聚集 并行性 ###

并行是一种通过并行执行几个操作，而不是按顺序执行(即在启动下一个操作之前等待每个操作完成)来使程序更快地完成的一种方法。有关并行性的更详细介绍，请深入阅读。[这里][Link 1].  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80Mzk5OTMyNw_size_16_color_FFFFFF_t_70 2]  
为此，我们使用`scatter`函数的WDL标准库，它将产生可并行的作业，在数组中的每个输入上运行相同的任务，并将结果输出为数组。

Array[File] inputFiles
    
      scatter (oneFile in inputFiles) {
        
        call stepA {
         input: in=oneFile }
      }
      call stepB {
         input: files=stepA.out }

这里的魔力在于产生输出数组并将其传递到下一个任务，而无需您明确声明它是一个数组。即使**stepA**的输出基于其声明看起来像是单个文件，但只要`stepA.out` 在任何其他 `call` 语句中进行引用 ，WDL就足以知道您是指将所有并行化**stepA**作业的输出分组的数组。

换句话说，过程的 **分散** 部分是 显式的， 而 **聚集** 部分是 隐式的。

### 任务别名 ###

当您需要在工作流程中多次调用任务时，可以使用任务别名。每次需要在工作流程中再次使用它时，复制粘贴任务的定义并更改名称将很繁琐。这种称为复制和粘贴编程的方法 非常简单，但从长远来看却很难维护。想象一下，您在一项任务中发现了一个错字-您需要在每个粘贴的任务中修复该错字！但是，使用WDL的内置任务别名功能，您可以调用相同的任务代码并为其分配别名。然后，遵循分层命名的原理，为了访问别名任务的输出，我们使用别名而不是原始任务名称。  
![在这里插入图片描述][watermark_type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk_shadow_10_text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80Mzk5OTMyNw_size_16_color_FFFFFF_t_70 3]  
要使用别名，我们使用语法 `call taskName as aliasName`。

call stepA as firstSample {
         input: in=firstInput }
    call stepA as secondSample {
         input: in=secondInput }
    call stepB {
         input: in=firstSample.out }
    call stepC {
         input: in=secondSample.out }

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[Link 1]: https://gatk.zendesk.com/hc/en-us/articles/360035532012
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