数据挖掘----基础--conda安装---miniconda

小鱼儿 2023-07-05 11:47 34阅读 0赞

# conda简介 #

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

# 安装conda #

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用 微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

下载网址  
miniconda官网

https://conda.io/miniconda.html

选择适合自己的版本，用wget命令下载。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这里选择的是latest-Linux版本，所以下载的程序会随着python的版本更新而更新（现在下载的版本默认的python版本已经是3.7了）

安装命令：

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

注意，以前的教程都是教一路yes下来的，但是会有隐患，特别是当你的服务器之前有安装过软件的话，conda会污染你原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改。

所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。当然对于用于学习得测试环境或者新手来说，yes会更方便一些。

# 启动conda #

在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？  
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。

activate

这里需要给activate添加一下权限才能使用

chmod 777 activate

接下来启动conda

source ./activate

成功启动conda

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了

conda list

# 添加频道–更多包得来源 #

官方channel：

conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels conda-forge

官方的话这两个channel应该就够了的。

还有其他可以添加得channel如下:

conda config --add channels genomedk
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    
    
    
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/

# 显示安装的频道 #

conda config --set show_channel_urls yes

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看

vim ~/.condarc

# 利用conda安装生物信息软件 #

安装命令:

conda install gatk

搜索需要的安装包:  
提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在

conda available packages

当然, 也可以用这个命令进行搜索