linux脚本实现毫秒计时,Linux学习2之shell脚本计算代码段运行的时间（精确到毫秒）...

一时失言乱红尘 2023-01-21 10:15 15阅读 0赞

简洁且成功的代码：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh

\#!/bin/bash

startTime=\`date +"%s.%N"\`

\#bwa aln ../GCA\_000001405.15\_GRCh38/GCA\_000001405.15\_GRCh38\_full\_analysis\_set.fna ../SRR003161h20.fastq > SRR003161h20t1.sai

for((i=1;i<=400;i++));do echo $(expr $i \\\* 4);done

endTime=\`date +"%s.%N"\`

echo \`awk -v x1="$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)" -v x2="$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)" -v y1="$\[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000\]" -v y2="$\[$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) /1000\]" 'BEGIN\{printf "RunTIme:%.6f s",(x1-x2)+(y1-y2)/1000000\}'\`

运行结果1：

... ...

1568

1572

1576

1580

1584

1588

1592

1596

1600

RunTIme:0.505397 s

运行结果2(需要配置bwa程序)：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh

\[bwa\_aln\] 17bp reads: max\_diff = 2

\[bwa\_aln\] 38bp reads: max\_diff = 3

\[bwa\_aln\] 64bp reads: max\_diff = 4

\[bwa\_aln\] 93bp reads: max\_diff = 5

\[bwa\_aln\] 124bp reads: max\_diff = 6

\[bwa\_aln\] 157bp reads: max\_diff = 7

\[bwa\_aln\] 190bp reads: max\_diff = 8

\[bwa\_aln\] 225bp reads: max\_diff = 9

\[main\] Version: 0.7.12-r1039

\[main\] CMD: bwa aln ../GCA\_000001405.15\_GRCh38/GCA\_000001405.15\_GRCh38\_full\_analysis\_set.fna ../SRR003161h20.fastq

\[main\] Real time: 36.195 sec; CPU: 3.575 sec

RunTIme:36.265438 s可以看出来调用程序时间稍大于程序内部自己内测时间，正常。

程序说明：

startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)

startTimeS2=$\[$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) /1000\]

endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)

endTimeS2=$\[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000\]

详细可参考最后一个调试(调试5)

总结：参考指令

awk

|bc

expr

$\[\]

毫秒和纳秒时间可调。

可以忽略一下，仅自己参考、记录

调试1(有错误)：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh

\#!/bin/bash

startTime=\`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"\`

for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \\\* 4);done

endTime=\`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"\`

echo "startTime "$startTime

echo "endTime "$endTime

startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)

startTimeS2=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)

\#startTimeS1= cut -d '.' -f 1 $startTime

\#startTimeS2= cut -d '.' -f 2 $endTime

endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)

endTimeS2=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)

echo $startTimeS1

echo $endTimeS1

echo $startTimeS2

echo $endTimeS2

startTimeS1Linux=\`date -d "$startTimeS1" +%s\` \#把当前时间转化为Linux时间

endTimeS1Linux=\`date -d "$endTimeS1" +%s\`

startTimeS2Linux=\`date -d "$startTimeS2" +%s\` \#把当前时间转化为Linux时间

endTimeS1L2nux=\`date -d "$endTimeS2" +%s\`

echo $startTimeS1Linux

echo $endTimeS1Linux

echo $startTimeS2Linux

echo $endTimeS2Linux

s=\`expr $endTimeS1Linux - $startTimeS1Linux\` \#计算2个时间的差

\#ns=\`expr $endTimeS2Linux - $startTimeS2Linux\` \#计算2个时间的差

ns=\`expr $endTimeS2 - $startTimeS2\` \#计算2个时间的差

echo $s.$ns运行结果：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh

startTime 2016-03-14 21:46:10.065302995

endTime 2016-03-14 21:46:10.078381939

2016-03-14 21:46:10

065302995

078381939

date: invalid date ‘065302995’

date: invalid date ‘078381939’

1457963170

0.13078944

调试2(有错误)：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh

\#!/bin/bash

startTime=\`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"\`

for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \\\* 4);done

endTime=\`date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S.%N"\`

startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)

startTimeS2=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)

endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)

endTimeS2=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)

startTimeS1Linux=\`date -d "$startTimeS1" +%s\` \#把当前时间转化为Linux时间

endTimeS1Linux=\`date -d "$endTimeS1" +%s\`

echo "RunTime:"\`expr $endTimeS1Linux - $startTimeS1Linux\`.\`expr $endTimeS2 - $startTimeS2\`"s"输出：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh

RunTime:0.13458804s调试3(有错误)：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh

\#!/bin/bash

startTime=\`date +"%s.%N"\`

for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \\\* 4);done

endTime=\`date +"%s.%N"\`

startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)

startTimeS2=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)

endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)

endTimeS2=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)

echo "RunTime:"\`expr $endTimeS1 - $startTimeS1\`.\`expr $endTimeS2 - $startTimeS2\`"s"输出：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh

RunTime:0.13124421s调试4(有错误)：hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ cat a.sh

\#!/bin/bash

startTime=\`date +"%s.%N"\`

for((i=1;i<=10;i++));do echo $(expr $i \\\* 4);done

endTime=\`date +"%s.%N"\`

echo "RunTime:"\`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 1) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)\`.\`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)\`"s"输出：

hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/test$ ./a.sh

RunTime:0.13331374s

前面几种没有考虑结束的纳秒比开始的纳秒小，会出现负数，故需要修改：

调试5(有错误)：

\#!/bin/bash

\#echo "hello"

\#bwa aln ../GCA\_000001405.15\_GRCh38/GCA\_000001405.15\_GRCh38\_full\_analysis\_set.fna ../SRR003161h20.fastq > SRR003161h20t1.sai

startTime=\`date +"%s.%N"\`

bwa aln ../GCA\_000001405.15\_GRCh38/GCA\_000001405.15\_GRCh38\_full\_analysis\_set.fna ../SRR003161h20.fastq > SRR003161h20t1.sai

\# for((i=1;i<=400;i++));do echo $(expr $i \\\* 4);done

endTime=\`date +"%s.%N"\`

echo "startTime "$startTime

echo "endTime "$endTime

startTimeS1=$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)

startTimeS2=$\[$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) /1000\]

endTimeS1=$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)

endTimeS2=$\[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000\]

\#echo $Scha

\#echo \`awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN\{printf "product0:1-%f,2-%.3f,sum-%.3f",x1-x2,y1-y2,(x1-x2)+(y1/1000-y2/1000)\}'\`

echo \`awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN\{printf "RunTIme:%.6f s",(x1-x2)+(y1-y2)/1000000\}'\`

\#echo $product0

\#if \[ $endTimeS2 -lt $startTimeS2 \]; then

\# echo \`awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN\{printf "RunTIme:%.3f s",(x1-x2)+(y1/1000-y2/1000)\}'\`

\#echo 'awk -v x="$endTime" 'BEGIN\{printf("%f",x\*2\}''

\#echo "scale=3;$\[$\[$endTimeS2-1\]-$startTimeS2\]+$s2" |bc

\#echo "RunTime:" $ $\[$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1)-1\] - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 1) + $\[$( $\[ $(echo $endTime | cut -d '.' -f 2)+1000000000\] - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)) / 10000000 \]"s"

\#else

\#echo \`awk -v x1="$endTimeS1" -v x2="$startTimeS1" -v y1="$endTimeS2" -v y2="$startTimeS2" 'BEGIN\{printf "RunTIme:%.3f s",(x1-x2-1)+(y1/1000-y2/1000)\}'\`

\#echo "RunTime:" $\[$\[$endTimeS2-1\]-$startTimeS2\].$\[$\[$\[$endTimeS1+1000\]-$statTimeS1\] / 1000\]

\#echo "RunTime:"\`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 1) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)\`.\`expr $(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) - $(echo $startTime | cut -d '.' -f 2)\`"s"

\#fi

\# exec\_time\_ms=$\[$\[$\[ 10\#$(echo $endTime | cut -d '.' -f 1) - 10\#$(echo $startTime | cut -d '.' -f 1)\] \* 1000\] + $\[$\[10\#$(echo $endTime | cut -d '.' -f 2) / 1000000\] - $\[10\#$(echo $startTime | cut -d '.' -f 2) / 1000000\] \] \]

\# nowdate=\`date +%Y%m%d-%T\`

\# echo "--------$nowdate-------->":$exec\_time\_ms

\#current=\`date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S"\` \#获取当前时间，例：2015-03-11 12:33:41

\#timeStamp=\`date -d "$current" +%s\` \#将current转换为时间戳，精确到秒

\#currentTimeStamp=$((timeStamp\*1000+\`date "+%N"\`/1000000)) \#将current转换为时间戳，精确到毫秒

\#echo $currentTimeStamp

shell运算参考：【4】

虽然Bash shell 有四种算术运算方法，但并不是每一种都是跨平台的，建议使用expr。

另外，我们在 script 中经常有加1操作，以下四法皆可：

m=$\[ m + 1\]

m=\`expr $m + 1\`

m=$(($m + 1))