Python中的贝叶斯推理的软件包 pystan

喜欢ヅ旅行 2022-03-11 07:58 140阅读 0赞

**前言**

PyStan 为 Stan 提供了一个 Python 接口，这是一个使用 No-U-Turn 采样器进行贝叶斯推理的软件包，这是Hamiltonian Monte Carlo 的一种变体。

PyStan具有以下依赖项：

Python：2.7，> = 3.3  
Cython：> = 0.22  
NumPy：> = 1.7  
PyStan还要求在安装和运行时可以使用C ++编译器。 在基于Debian的系统上，这是通过发出命令apt-get install build-essential来完成的。

例子：

import pystan
    
    schools_code = """
    data {
        int<lower=0> J; // number of schools
        vector[J] y; // estimated treatment effects
        vector<lower=0>[J] sigma; // s.e. of effect estimates
    }
    parameters {
        real mu;
        real<lower=0> tau;
        vector[J] eta;
    }
    transformed parameters {
        vector[J] theta;
        theta = mu + tau * eta;
    }
    model {
        eta ~ normal(0, 1);
        y ~ normal(theta, sigma);
    }
    """
    
    schools_dat = {'J': 8,
                   'y': [28,  8, -3,  7, -1,  1, 18, 12],
                   'sigma': [15, 10, 16, 11,  9, 11, 10, 18]}
    
    sm = pystan.StanModel(model_code=schools_code)
    fit = sm.sampling(data=schools_dat, iter=1000, chains=4)

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素材来源中：开源中国

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